Mengembangkan Keilmuan Pendidikan Agama Islam multidisipliner, interdisipliner dan terintegrasi yang unggul dan kompetitif bertaraf internasional
Menyelenggarakan pendidikan Agama Islam interdisipliner yang unggul dan berdaya saing di tingkat lokal, nasional atau internasional;
Memanfaatkan perkembangan teknologi dan informasi dalam pendidikan, pembelajaran dan penelitian;
Mengembangkan kemampuan riset-metodologis mahasiswa dalam menyerap dan mengembangkan Pendidikan Agama Islam pendekatan interdisipliner atau multidisipliner di lembaga pendidikan maupun pada masyarakat
Menyelenggarakan pengabdian kepada masyarakat melalui diseminasi hasil-hasil penelitian mahasiswa dan dosen di tingkat lokal, nasional atau internasional.
Program studi Magister Pendidikan Agama Islam (S2 PAI) adalah salah satu program studi magister di lingkungan UIN Sunan Ampel Surabaya yang didesain untuk memfasilitasi mereka yang ingin mengekslporasi ilmu Pendidikan Agama Islam tingkat lanjut dan untuk menghasilkan lulusan yang: (1) Akademisi/Pendidik Agama Islam di lembaga pendidikan formal atau nonformal yang memiliki kompetensi paedagogik, kepribadian, sosial dan profesional serta memiliki kemampuan berpikir kritis, kreatif dan inovatif berbasis riset; (2) Peneliti yang tugas utamanya melakukan penelitian dan/atau pengembangan ilmu pengetahuan dan teknologi, mampu mengembangkan keilmuan di bidang PAI melalui pendekatan inter atau multidisipliner serta mampu mendapatkan pengakuan nasional atau internasional; (3) Menjadi konsultan yang mampu berkontribusi dalam mengembangkan dan memecahkan permasalahan dalam bidang PAI melalui pendekatan inter atau multidisipliner.
