Mata kuliah Pemikiran Modern dalam Islam mendiskusikan pemikiran-pemikiran intelektual Muslim kontemporer dalam merespon isu-isu kontemporer, seperti hubungan Islam dan negara (demokrasi, negara bangsa, sekularisme) kesetaraan gender, lgbt, hak-hak asasi manusia, kontektualisasi ajaran Islam, pribumisasi Islam, termasuk fundamentalisme dan ekstremisme. Kuliah ini menggunakan pendekatan tokoh dan kewilayahan. Mata kuliah ini bertujuan membekali mahasiswa dengan pengetahuan yang memadai tentang respon para pemikir Muslim atas isu-isu kontemporer.